Files @ b0797787e1b2
Branch filter:

Location: EI/VirtualLeaf/data/leaves/tutorial1_init.xml - annotation

Michael Guravage
Added tag v1.0.1 for changeset 0c80cde2ff53
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
da350435dfe3
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<leaf name="/ufs/merks/VLeaf1.0/V1.0/data/leaves/tutorial1_init.xml" date="Thu Nov 25 14:26:38 2010" simtime="0">
  <parameter>
    <par name="arrowcolor" val="white"/>
    <par name="arrowsize" val="10"/>
    <par name="textcolor" val="red"/>
    <par name="cellnumsize" val="1"/>
    <par name="nodenumsize" val="1"/>
    <par name="node_mag" val="1"/>
    <par name="outlinewidth" val="1"/>
    <par name="cell_outline_color" val="forestgreen"/>
    <par name="resize_stride" val="10"/>
    <par name="export_interval" val="0"/>
    <par name="export_fn_prefix" val="cell."/>
    <par name="storage_stride" val="100"/>
    <par name="xml_storage_stride" val="500"/>
    <par name="datadir" val="tutorial1_data"/>
    <par name="T" val="1"/>
    <par name="lambda_length" val="100"/>
    <par name="yielding_threshold" val="4"/>
    <par name="lambda_celllength" val="0"/>
    <par name="target_length" val="60"/>
    <par name="cell_expansion_rate" val="5"/>
    <par name="cell_div_expansion_rate" val="10"/>
    <par name="auxin_dependent_growth" val="true"/>
    <par name="ode_accuracy" val="0.0001"/>
    <par name="mc_stepsize" val="0.4"/>
    <par name="mc_cell_stepsize" val="0.2"/>
    <par name="energy_threshold" val="1000"/>
    <par name="bend_lambda" val="0"/>
    <par name="alignment_lambda" val="0"/>
    <par name="rel_cell_div_threshold" val="2"/>
    <par name="rel_perimeter_stiffness" val="2"/>
    <par name="collapse_node_threshold" val="0.05"/>
    <par name="morphogen_div_threshold" val="0.2"/>
    <par name="morphogen_expansion_threshold" val="0.01"/>
    <par name="copy_wall" val="true"/>
    <par name="source" val="0"/>
    <par name="D">
      <valarray>
        <val v="1e-06"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
      </valarray>
    </par>
    <par name="initval">
      <valarray>
        <val v="0"/>
        <val v="1"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
      </valarray>
    </par>
    <par name="k1" val="1"/>
    <par name="k2" val="0.3"/>
    <par name="r" val="1"/>
    <par name="kr" val="1"/>
    <par name="km" val="1"/>
    <par name="Pi_tot" val="1"/>
    <par name="transport" val="0.36"/>
    <par name="ka" val="1"/>
    <par name="pin_prod" val="0"/>
    <par name="pin_prod_in_epidermis" val="0"/>
    <par name="pin_breakdown" val="0"/>
    <par name="pin_breakdown_internal" val="0.001"/>
    <par name="aux1prod" val="0.001"/>
    <par name="aux1prodmeso" val="0"/>
    <par name="aux1decay" val="0.001"/>
    <par name="aux1decaymeso" val="0.1"/>
    <par name="aux1transport" val="0.036"/>
    <par name="aux_cons" val="0"/>
    <par name="aux_breakdown" val="0.0001"/>
    <par name="kaux1" val="1"/>
    <par name="kap" val="1"/>
    <par name="leaf_tip_source" val="0.0001"/>
    <par name="sam_efflux" val="0.0001"/>
    <par name="sam_auxin" val="10"/>
    <par name="sam_auxin_breakdown" val="0"/>
    <par name="van3prod" val="0.002"/>
    <par name="van3autokat" val="0.1"/>
    <par name="van3sat" val="10"/>
    <par name="k2van3" val="0.3"/>
    <par name="dt" val="0.1"/>
    <par name="rd_dt" val="10"/>
    <par name="movie" val="true"/>
    <par name="nit" val="100000"/>
    <par name="maxt" val="1e+06"/>
    <par name="rseed" val="-1"/>
    <par name="constituous_expansion_limit" val="16"/>
    <par name="vessel_inh_level" val="1"/>
    <par name="vessel_expansion_rate" val="0.25"/>
    <par name="d" val="0"/>
    <par name="e" val="0"/>
    <par name="f" val="0"/>
    <par name="c" val="0"/>
    <par name="mu" val="0"/>
    <par name="nu" val="0"/>
    <par name="rho0" val="0"/>
    <par name="rho1" val="0"/>
    <par name="c0" val="0"/>
    <par name="gamma" val="0"/>
    <par name="eps" val="0"/>
    <par name="k">
      <valarray>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
      </valarray>
    </par>
    <par name="i1" val="0"/>
    <par name="i2" val="0"/>
    <par name="i3" val="0"/>
    <par name="i4" val="0"/>
    <par name="i5" val="0"/>
    <par name="s1" val=""/>
    <par name="s2" val=""/>
    <par name="s3" val=""/>
    <par name="b1" val="false"/>
    <par name="b2" val="false"/>
    <par name="b3" val="false"/>
    <par name="b4" val="false"/>
    <par name="dir1" val="."/>
    <par name="dir2" val="."/>
  </parameter>
  <nodes n="10" target_length="3.09017">
    <node x="10" y="0" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="8.09017" y="5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="3.09017" y="9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-3.09017" y="9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-8.09017" y="5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-10" y="1.22461e-15" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-8.09017" y="-5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-3.09017" y="-9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="3.09017" y="-9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="8.09017" y="-5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
  </nodes>
  <cells n="1" offsetx="0" offsety="0" magnification="1" base_area="293.893" nchem="0">
    <cell index="0" area="293.893" target_area="293.893" target_length="60" lambda_celllength="0" stiffness="0" fixed="false" pin_fixed="false" at_boundary="false" dead="false" source="false" boundary="None" div_counter="0" cell_type="0">
      <node n="0"/>
      <node n="1"/>
      <node n="2"/>
      <node n="3"/>
      <node n="4"/>
      <node n="5"/>
      <node n="6"/>
      <node n="7"/>
      <node n="8"/>
      <node n="9"/>
      <chem n="0"/>
    </cell>
    <boundary_polygon index="-1" area="293.893" target_area="1" target_length="0" lambda_celllength="0" stiffness="0" fixed="false" pin_fixed="false" at_boundary="false" dead="false" source="false" boundary="None" div_counter="0" cell_type="0">
      <node n="0"/>
      <node n="1"/>
      <node n="2"/>
      <node n="3"/>
      <node n="4"/>
      <node n="5"/>
      <node n="6"/>
      <node n="7"/>
      <node n="8"/>
      <node n="9"/>
      <chem n="0"/>
    </boundary_polygon>
  </cells>
  <walls n="0"/>
  <nodesets n="0"/>
  <settings>
    <setting name="show_cell_centers" val="false"/>
    <setting name="show_nodes" val="false"/>
    <setting name="show_node_numbers" val="false"/>
    <setting name="show_cell_numbers" val="false"/>
    <setting name="show_border_cells" val="false"/>
    <setting name="show_cell_axes" val="false"/>
    <setting name="show_cell_strain" val="false"/>
    <setting name="show_fluxes" val="false"/>
    <setting name="show_walls" val="false"/>
    <setting name="save_movie_frames" val="false"/>
    <setting name="show_only_leaf_boundary" val="false"/>
    <setting name="cell_growth" val="true"/>
    <setting name="hide_cells" val="false"/>
    <viewport m11="8.83883" m12="0" m21="0" m22="8.83883" dx="0" dy="0"/>
  </settings>
</leaf>