# HG changeset patch # User Michael Guravage # Date 2011-08-26 19:09:34 # Node ID b5cc18bab69786675e756a5a478042c45cc558ae # Parent e730ce1f2d31ab502530c4e41706559b31493d5a Added third reaction-diffusion protocol: Diffusion in a growing domain. -- user: Michael Guravage branch 'default' added data/leaves/mygrowingleaf.xml changed src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.cpp changed src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.h diff --git a/data/leaves/mygrowingleaf.xml b/data/leaves/mygrowingleaf.xml new file mode 100644 --- /dev/null +++ b/data/leaves/mygrowingleaf.xml @@ -0,0 +1,1268 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.cpp b/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.cpp --- a/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.cpp +++ b/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.cpp @@ -31,7 +31,7 @@ QString Mydiffusionmodel::ModelID(void) { // specify the name of your model here - return QString( "Fick's Laws of diffusion" ); + return QString( "Diffusion in a growing domain" ); } // return the number of chemicals your model uses @@ -54,10 +54,8 @@ void Mydiffusionmodel::SetCellColor(Cell void Mydiffusionmodel::CellHouseKeeping(CellBase *c) { // add cell behavioral rules here - if (c->Chemical(0) < 0.5){ - c->EnlargeTargetArea(par->cell_expansion_rate); - } - + c->EnlargeTargetArea(par->cell_expansion_rate); + if(c->Area() > 2*c->BaseArea()){ c->Divide(); } diff --git a/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.h b/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.h --- a/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.h +++ b/src/protocols/MyDiffusionModel/mydiffusionmodel.h @@ -56,7 +56,7 @@ public: virtual int NChem(void); // Name the default leaf file - virtual QString DefaultLeafML (void){return QString("myleaf.xml");} + virtual QString DefaultLeafML (void){return QString("mygrowingleaf.xml");} }; // finis