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Location: EI/VirtualLeaf/data/leaves/tutorial2_init.xml

Roeland Merks
Two last corrections:
- Viewport was not written during automatic export of XML files, because Virtualization of XMLSettingsTree did not work due to inconsistent function definition (const vs. non-const)
- Some of the default parameter-file had "Start saving movie frames" switched on by default, dramatically slowing down the example runs. Now it is switched off in all example XML files.

user: Roeland Merks <roeland.merks@cwi.nl>
branch 'default'
changed data/leaves/auxin_growth.xml
changed data/leaves/tutorial5_init.xml
changed src/VirtualLeaf.cpp
changed src/mainbase.cpp
changed src/mainbase.h
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<leaf name="/ufs/merks/VLeaf1.0/V1.0/data/leaves/tutorial2_init.xml" date="Thu Nov 25 14:28:20 2010" simtime="0">
  <parameter>
    <par name="arrowcolor" val="blue"/>
    <par name="arrowsize" val="100"/>
    <par name="textcolor" val="orange"/>
    <par name="cellnumsize" val="1"/>
    <par name="nodenumsize" val="1"/>
    <par name="node_mag" val="1"/>
    <par name="outlinewidth" val="1"/>
    <par name="cell_outline_color" val="forestgreen"/>
    <par name="resize_stride" val="10"/>
    <par name="export_interval" val="0"/>
    <par name="export_fn_prefix" val="cell."/>
    <par name="storage_stride" val="100"/>
    <par name="xml_storage_stride" val="500"/>
    <par name="datadir" val="tutorial2_data"/>
    <par name="T" val="10"/>
    <par name="lambda_length" val="100"/>
    <par name="yielding_threshold" val="4"/>
    <par name="lambda_celllength" val="0"/>
    <par name="target_length" val="0"/>
    <par name="cell_expansion_rate" val="5"/>
    <par name="cell_div_expansion_rate" val="0"/>
    <par name="auxin_dependent_growth" val="true"/>
    <par name="ode_accuracy" val="0.0001"/>
    <par name="mc_stepsize" val="1"/>
    <par name="mc_cell_stepsize" val="0.1"/>
    <par name="energy_threshold" val="5"/>
    <par name="bend_lambda" val="0"/>
    <par name="alignment_lambda" val="0"/>
    <par name="rel_cell_div_threshold" val="2"/>
    <par name="rel_perimeter_stiffness" val="2"/>
    <par name="collapse_node_threshold" val="0.05"/>
    <par name="morphogen_div_threshold" val="0.2"/>
    <par name="morphogen_expansion_threshold" val="0.01"/>
    <par name="copy_wall" val="true"/>
    <par name="source" val="1"/>
    <par name="D">
      <valarray>
        <val v="0.01"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
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      </valarray>
    </par>
    <par name="initval">
      <valarray>
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        <val v="0"/>
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      </valarray>
    </par>
    <par name="k1" val="1"/>
    <par name="k2" val="0.3"/>
    <par name="r" val="1"/>
    <par name="kr" val="1"/>
    <par name="km" val="1"/>
    <par name="Pi_tot" val="1"/>
    <par name="transport" val="0.036"/>
    <par name="ka" val="1"/>
    <par name="pin_prod" val="0.001"/>
    <par name="pin_prod_in_epidermis" val="0.1"/>
    <par name="pin_breakdown" val="0.001"/>
    <par name="pin_breakdown_internal" val="0.001"/>
    <par name="aux1prod" val="0.001"/>
    <par name="aux1prodmeso" val="0"/>
    <par name="aux1decay" val="0.001"/>
    <par name="aux1decaymeso" val="0.1"/>
    <par name="aux1transport" val="0.036"/>
    <par name="aux_cons" val="0"/>
    <par name="aux_breakdown" val="0"/>
    <par name="kaux1" val="1"/>
    <par name="kap" val="1"/>
    <par name="leaf_tip_source" val="1"/>
    <par name="sam_efflux" val="0.0001"/>
    <par name="sam_auxin" val="10"/>
    <par name="sam_auxin_breakdown" val="0"/>
    <par name="van3prod" val="0.002"/>
    <par name="van3autokat" val="0.1"/>
    <par name="van3sat" val="10"/>
    <par name="k2van3" val="0.3"/>
    <par name="dt" val="0.05"/>
    <par name="rd_dt" val="5"/>
    <par name="movie" val="false"/>
    <par name="nit" val="100000"/>
    <par name="maxt" val="1000"/>
    <par name="rseed" val="-1"/>
    <par name="constituous_expansion_limit" val="16"/>
    <par name="vessel_inh_level" val="1"/>
    <par name="vessel_expansion_rate" val="0.25"/>
    <par name="d" val="0.002"/>
    <par name="e" val="0.1"/>
    <par name="f" val="10"/>
    <par name="c" val="0.004"/>
    <par name="mu" val="0.12"/>
    <par name="nu" val="0.04"/>
    <par name="rho0" val="0.03"/>
    <par name="rho1" val="0.0003"/>
    <par name="c0" val="0.02"/>
    <par name="gamma" val="0.02"/>
    <par name="eps" val="0.4"/>
    <par name="k">
      <valarray>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
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        <val v="0"/>
        <val v="0"/>
      </valarray>
    </par>
    <par name="i1" val="0"/>
    <par name="i2" val="0"/>
    <par name="i3" val="0"/>
    <par name="i4" val="0"/>
    <par name="i5" val="0"/>
    <par name="s1" val=""/>
    <par name="s2" val=""/>
    <par name="s3" val=""/>
    <par name="b1" val="false"/>
    <par name="b2" val="false"/>
    <par name="b3" val="false"/>
    <par name="b4" val="false"/>
    <par name="dir1" val="."/>
    <par name="dir2" val="."/>
  </parameter>
  <nodes n="10" target_length="3.09017">
    <node x="10" y="0" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="8.09017" y="5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="3.09017" y="9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-3.09017" y="9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-8.09017" y="5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-10" y="1.22461e-15" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-8.09017" y="-5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="-3.09017" y="-9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="3.09017" y="-9.51057" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
    <node x="8.09017" y="-5.87785" fixed="false" boundary="true" sam="false"/>
  </nodes>
  <cells n="1" offsetx="0" offsety="0" magnification="1" base_area="293.893" nchem="1">
    <cell index="0" area="293.893" target_area="293.893" target_length="0" lambda_celllength="0" stiffness="0" fixed="false" pin_fixed="false" at_boundary="false" dead="false" source="false" boundary="None" div_counter="0" cell_type="0">
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        <val v="0"/>
      </chem>
    </cell>
    <boundary_polygon index="-1" area="293.893" target_area="1" target_length="0" lambda_celllength="0" stiffness="0" fixed="false" pin_fixed="false" at_boundary="false" dead="false" source="false" boundary="None" div_counter="0" cell_type="0">
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    </boundary_polygon>
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  <nodesets n="0"/>
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    <setting name="show_node_numbers" val="false"/>
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    <viewport m11="4.41942" m12="0" m21="0" m22="4.41942" dx="0" dy="0"/>
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